После событий, произошедших в фильме 1994 года, все мирно забыли об законсервированых по ненадобности звездных вратах, так как считали, что раз божество повержено, то и угроза исчезла. Но внезапно на базе появляется еще одно божество, на этот раз Апофиз, и наводит шухер. Потревоженное командование решает продолжить проект, для чего начавшего было опять спиваться Джека О’Нилла вызывают на базу в горе Шайен и настойчиво предлагают снова возглавить команду разведчиков...